正当美国海军努力解决LCS濒海战斗舰可靠性问题时，又面临另一个大问题——运行成本。据《防务新闻》获得的数据显示，美国海军濒海战斗舰的满载排水量不超过3000吨，其每年运行成本约为7000万美元，而一艘排水量8000到9000吨级的阿利·伯克级驱逐舰，年运行成本约8100万美元。若无法控制成本，这两款战舰的作战费用将几乎相同。

　　据美国《防务新闻》4月12日报道，美国海军高级官员表示，最初构想的最少人员配置模型已经推高了LCS濒海战斗舰运行成本（该原始设计是每艘LCS舰保持32名水手和8名军官的最小编制，并由承包商负责大部分维护工作）。

　　报道称，自从引入LCS濒海战斗舰，原定编制的40人增加到了50人；2016年这一人数增加到70人。现在美国海军为了支持“以舰员为中心”的舰艇维护，这一数字可能必须再次增加。

　　让美国水兵承担更多维护工作，也就意味着可能需要增加更多的舰员。这些额外人员配置是导致更高运行成本的一大因素。

　　根据《防务新闻》获得的预算数据显示，如今一艘濒海战斗舰每年的运行成本约为7000万美元。相比之下，一艘阿利·伯克级宙斯盾驱逐舰的运行成本约为8100万美元。如果美国海军无法控制LCS舰的运行费用，意味着这种排水量不过3000吨的轻型水面战舰作战费用，将与排水量达9400吨的大型战舰运行成本几乎相同。

　　报道称，美国海军作战部长迈克尔·吉尔迪（Michael Gilday）承认濒海战斗舰的高昂成本，但是他认为，在内部推动由更多水手完成舰船维护工作，从而远离承包商，应该有助于降低建造LCS舰的运行成本。

　　吉尔迪说：“我们美国海军的工作是送出致命的战斗部队……我的目标是0.5（作战可用性，即战舰有50%的时间可以执行任务）”，“但要实现0.5（可用性），我们需要修正一些问题才能达到这一目标”，首先是需要解决可靠性和可持续性问题，第二个要素才是杀伤力。

　　报道引述美国哈德逊研究所高级研究员，前美国海军潜艇军官布莱恩·克拉克（Bryan Clark）的评论称：“我不知道你将如何处理另一半（舰队）。它们有可执行的任务，但是它们在执行这些任务时太昂贵了。”